Výzkumná činnost je na Hudební fakultě JAMU nedílnou paralelou umělecké tvůrčí činnosti, kterou reflektuje a analyzuje jak z pozice tradičního vědeckého (muzikologického, uměnovědného) přístupu, tak i pohledem uměleckého výzkumu.
Intenzivně je zde rozvíjena reflexe fenoménu hudby v jeho širokých kontextech, včetně interdisciplinárních přesahů, přičemž důraz je kladen především na základní výzkum. Zejména na poli muzikologického výzkumu je hlavním vědeckým, ale i společenským přínosem prezentace dosažených výsledků odborné i širší veřejnosti formou publikovaných výstupů – monografií, studií v odborných časopisech či konferenčních příspěvků následně publikovaných ve sbornících.
Hudební fakulta tak mj. posiluje všeobecného vědomí o hodnotě českého, ale i evropského kulturního dědictví. Výzkum další oblasti – hudebního managementu/hudební produkce pak významnou měrou přispívá k zefektivnění konkrétních procesů řízení hudebního provozu v rámci celé republiky.
Výzkum v oboru kompozice má četné přesahy do oblasti elektroakustiky či audio-inženýrství, výsledky základního výzkumu zde mají značný aplikační potenciál (speciální SW, aplikace teoretických principů např. z oblasti kybernetiky, matematiky, či fyziky do kompozičních metod podněcujících vznik a veřejnou prezentaci konkrétních uměleckých děl atd.).
Na Hudební fakultě je součástí výzkumu také bádání v oblasti cizích jazyků (Katedra cizích jazyků), jehož vědecký i společenský přínos spočívá v produkci řady publikačních výstupů věnovaných aplikaci specifické hudební a kulturní jazykové problematiky do kontextu cizojazyčného prostředí (AJ, NJ). Stále větší pozornost je pak věnována prezentaci výsledků uměleckého výzkumu jako plnohodnotné součásti výzkumu vědeckého. Nedílnou součástí společenského přínosu vědy a výzkumu jsou pak na naší instituci i četné popularizační aktivity.