V čele Hudební fakulty stojí děkanka, prof. Barbara Maria Willi. Fakulta má své tři proděkany, kteří se zaměřují na studium, výzkum, rozvoj a uměleckou činnost spojenou s rozvojem spolupráce s nižšími stupni vzdělávání.
Proděkankou pro věci studijní a pedagogické je doc. MgA. Jana Goliášová, proděkanem pro uměleckou činnost je prof. MgA. Jindřich Petráš, proděkanem pro vědu, výzkum a strategie je PhDr. Petr Lyko, Ph.D. et Ph.D a proděkanem pro mezinárodní vztahy doc. Jurij Likin.
Fakulta má také svoji tajemnici, tuto funkci vykonává Ing. Jana Vondráčková.