Hudební fakulta JAMU má celkem dvanáct kateder. Deset z nich je zaměřeno na výuku hry na konkrétní hudební nástroje, zpěv, kompozici nebo multimediální tvorbu a hudební produkci.
Zbývající dvě katedry – katedra cizích jazyků a katedra hudebních a humanitních věd – se podílejí na teoretické výuce všech studentů v několika oblastech, jako jsou cizí jazyky (angličtina, němčina, italština aj.), dějiny hudby, semináře, analýza hudebních děl a dějiny umění.